この3つのスクリプトって、
startx ：xinitを呼び出してXを起動(shellスクリプト)
startxwin.bat：XWinを呼び出してXを起動(.batファイル)
startxwin.sh ：XWinを呼び出してXを起動(shellスクリプト)
がそれぞれの違いになります。
なのでぇ、cmdからはstartxwin.bat、bashからはstartx/startwin.sh、でCygwin Xを起動することになります。
っつと、もっとも大きな違いはと、xinitを使わないと$HOME/.xinitrcが読まれません。
当たり前なんですが、忘れがちです・・・
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